取自 PerlChina.org - wiki

目录 1 Bioperl 的安装 1.1 Windows 1.1.1 command line 1.1.2 GUI 1.2 UNIX/Linux下

[编辑] Bioperl 的安装

[编辑] Windows

如果你安装的 Perl 是 ActiveState 的Active Perl，那么推荐使用ppm安装。

[编辑] command line

C:/perl/>ppm-shell
ppm>set repository bioperl http://bioperl.org/DIST/
ppm>search bioperl
ppm>install bioperl

使用 ppm 安装的时候有一点需要注意，Bioperl 的 repository 不会提供 GD.pm 的下载，因而出现模块依赖条件不满足的状态，因此需要从其他的 repository 中获得GD。比如：

ppm>rep add Kobes http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms/
ppm>search GD.pm
ppm>install GD

或者直接：

ppm>install http://www.bribes.org/perl/ppm/GD.ppd

装好的 bioperl 模块应该在你的 perl 目录中的site/lib/Bio/子目录下。

[编辑] GUI

参见http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_on_Windows

[编辑] UNIX/Linux下

可以使用CPAN模块下的Bundle::BioPerl安装：

>perl -MCPAN -e "install Bundle::BioPerl"

如果不成功，执行以下命令 1、执行perl -MCPAN -e shell出错，提示如下:

[root@fc9 ~]# perl -MCPAN -e shell Can't locate CPAN.pm in @INC (@INC contains: /usr/lib/perl5/5.10.0/i386-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/5.10.0 /usr/lib/perl5/site_perl/5.10.0/i386-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/site_perl/5.10.0 /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.7 /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.6 /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.5 /usr/lib/perl5/site_perl /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/i386-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0 /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.7 /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.6 /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.5 /usr/lib/perl5/vendor_perl .). BEGIN failed--compilation aborted.

2、到cpan的官方站点下载CPAN模块

http://search.cpan.org/~andk/CPAN-1.9205/lib/CPAN.pm

[root@fc9 ~]#wget http://search.cpan.org/CPAN/auth ... /CPAN-1.9205.tar.gz

3、解压，编绎，安装

[root@fc9 ~]# tar -zxvf CPAN-1.9205.tar.gz

[root@fc9 ~]# cd CPAN-1.9205

[root@fc9 CPAN-1.9205]# perl Makefile.PL

[root@fc9 CPAN-1.9205]# make

[root@fc9 CPAN-1.9205]# make install

4、成功进入CPAN的shell模式

[root@fc9 CPAN-1.9205]# perl -MCPAN -e shell 很多 linux 的发行版已经有对应的安装包可以直接安装，如我使用的 debian 目前就提供 Bioperl 1.4 的deb包可以直接安装（1.4 版是目前的稳定版本，最新的 1.5 则是 developers version），使用apt-get install 一行命令直接搞定，无比方便。linux 下装好的 Bioperl 模块一般在如下地址：

/usr/local/share/perl5.X.X/lib/Bio/

此外，如果你想使用最最新的开发版本，也就是 Bioperl 开发者们目前使用并不断在更新的版本，你可以使用open-bio.org 的匿名 CVS 服务器。

在连结到 internet 的情况下，使用如下命令：

cvs -d :pserver:cvs@cvs.open-bio.org:/home/repository/bioperl login

输入密码： cvs

然后 check out 你想要的：

cvs -d :pserver:cvs@cvs.open-bio.org:/home/repository/bioperl checkout bioperl-live

以上一行代码将会下载 bioperl core 的代码，如果你想要其他的代码包，比如 bioperl-ext，则用 bioperl-ext 替换上面的 bioperl-live即可。

在安装过程中遇到的任何问题请先参照如下文档：

• http://bioperl.org/Core/Latest/INSTALL
• http://bioperl.org/Core/Latest/INSTALL.WIN

Linux下使用 CPAN 模块安装的时候可能也会有一些模块无法安装的问题，出现模块依赖条件无法满足的情况，或者是测试无法通过，这时可以使用 -f 模式强制安装，除了很少的一些功能不能使用之外，大多数模块是可以正常使用的。